ความไม่พอใจของขุนนางอังกฤษที่มีต่อกษัตริย์สุดท้ายแล้วเป็นผลให้เกิดสงครามกลางเมือง สงครามบารอนครั้งที่สอง (ปี ค.ศ. 1264 – 1267) ผู้นำของกองทัพฝ่ายตรงข้ามของเฮนรีคือพระขนิษฐภรรดา (น้องเขย) ซิมง เดอ มงต์ฟอร์ต์ เอิร์ลที่ 6 แห่งเลสเตอร์ ที่แต่งงานกับพระขนิษบาของเฮนรี เอเลนอร์ เดอ มงต์ฟอร์ต์ต้องการตอกย้ำแม็กนาคาร์ตาและบีบกษัตริย์ให้ยอมมอบอำนาจให้สภาขุนนางมากขึ้น

ในปี ค.ศ. 1264 ที่สมรภูมิลูอิส เฮนรีกับพระโอรส อนาคตพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 1 พ่ายแพ้และถูกจับกุม เฮนรีถูกบีบให้เรียกประชุมรัฐสภาและให้สัญญาว่าจะปกครองโดยรับฟังคำปรึกษาของสภาขุนนาง เฮนรีถูกลดบทบาทเป็นกษัตริย์หุ่นเชิด ส่วนเดอ มงต์ฟอร์ต์ขยับขยายเป็นตัวแทนรัฐสภาที่อยู่เหนือกลุ่มขุนนาง สมาชิกของแต่ละเคานตีของอังกฤษกับเมืองสำคัญๆ สิบห้าเดือนต่อมา เอ็ดเวิร์ดนำกลุ่มผู้จงรักภักดีของกษัตริย์เข้าสู่สมรภูมิอีกครั้ง ทรงปราบและสังหารเดอ มงต์ฟอร์ต์ที่สมรภูมิอีฟชามในปี ค.ศ. 1265 ท้ายที่สุดแล้วอำนาจถูกกอบกู้คืนให้พระเจ้าเฮนรีที่ 3 และการลงโทษที่รุนแรงถูกใช้กับบารอนกบฏ ในปี ค.ศ. 1266 การประนีประนอมระหว่างกษัตริย์กับบารอนเกิดขึ้นด้วยถ้อยแถลงแห่งเคนิลเวิร์ธ ในหลายปีหลังการเสียชีวิต หลุมศพของซิมง เดอ มงต์ฟอร์ต์มักได้รับการเยี่ยมเยียนจากนักแสวงบุญ ทุกวันนี้เดอ มงต์ฟอร์ต์ถูกมองว่าเป็นหนึ่งในบิดาของการบริหารปกครองผ่านตัวแทน